Нийслэлийн Засаг даргын хэрэгжүүлэгч агентлаг Нийслэлийн Худалдан авах ажиллагааны газар нь 2012 оны Засгийн газрын 190 дүгээр тогтоолыг үндэслэн 2013 онд Нийслэлийн Засаг даргын 2013 оны 01 дүгээр сарын 10-ны өдрийн А/20 дугаар захирамжаар 5 хэлтэс, нийт 56 хүний орон тоотойгоор батлагдсан.
Үүнд: Газрын дарга, Орлогч дарга 2,
- Худалдан авах ажиллагааны хэлтэс;
- Цахим худалдан авалт, олон нийттэй харилцах хэлтэс;
- Зураг төсвийн хяналтын хэлтэс;
- Хуулийн хэлтэс;
- Захиргаа, удирдлагын хэлтэс гэсэн бүтэцтэйгээр байгуулагдсан байна.
2014 онд Нийслэлийн Засаг даргын 2014 оны 12 дугаар сарын 29-ний өдрийн А/34 дүгээр захирамжаар бүтэц орон тоо өөрчлөгдөн 5 хэлтэс, нийт орон тоо 49 болж өөрчлөгдсөн.
Үүнд: Газрын дарга, Орлогч дарга 2
- Худалдан авах ажиллагааны хэлтэс;
- Цахим худалдан авалт, олон нийттэй харилцах хэлтэс;
- Зураг төсвийн хяналтын хэлтэс;
- Хуулийн хэлтэс;
- Захиргаа, удирдлагын хэлтэс.
2016 онд Нийслэлийн засаг даргын 2016 оны 08 дугаар сарын 31-ний өдрийн А/635 дугаар захирамжаар 4 хэлтэс, 35 хүний орон тоотой болсон.
Үүнд: Газрын дарга, Орлогч дарга-1,
- Захиргаа, санхүүгийн хэлтэс;
- Хуулийн хэлтэс;
- Худалдан авах ажиллагааны хэлтэс;
- Мэдээллийн, технологийн хэлтэс гэсэн нэгжтэй үйл ажиллагаа явуулж байна.